site de SMBI - Content

Logiciels et programmation
BLAST (recherche de séquences dans les bases de données) : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
CLUSTAL W (alignement de séquences) : http://www.ebi.ac.uk/clustalw/
DbClustal (alignement utilisant comme ancres les résultats de blast) : http://www-igbmc.u-strasbg.fr/BioInfo/
Bioinformatics.org (ensemble de projets libres) : http://www.bioinformatics.org
The Open Bioinformatics Foundation (promotion de logiciels libres pour la bio-informatique) : http://open-bio.org/
EMBOSS (ensemble d'outils libres pour l'analyse de séquences) : http://www.emboss.org/
BioPerl (Perl et la bio-informatique) : http://bioperl.org
BioPython (Python et la bio-informatique): http://biopython.org
BioJava (Java et la bio-informatique): http://biojava.org
Phylogène (initiation à la phylogénie): http://www.inrp.fr/Acces/biotic/evolut/phylogene/accueil.htm
PHYML (logiciel de phylogénie) : http://atgc.lirmm.fr/phyml/

Tools

Software

XplorSeq: A software environment for integrated management and phylogenetic analysis of metagenomic sequence data

Frank D
BMC Bioinformatics, 2008 9:420 ( 7 October 2008 )
[Abstract] [Provisional PDF]

Database

A database of phylogenetically atypical genes in archaeal and bacterial genomes, identified using the DarkHorse algorithm

Podell S, Gaasterland T, Allen E
BMC Bioinformatics, 2008 9:419 ( 7 October 2008)

[Abstract] [Provisional PDF]

Genome Cafe

http://www.biostat.jhsph.edu/GenomeCAFE /ExpressionistSchedule.html

Bioconductor

Bioconductor is an open source and open development software project for the analysis and comprehension of genomic data.